Con esta investigación se realizó un estudio jurídico comparado sobre las patentes de microorganismos del TLC de Colombia y la Unión Europea, con la Decisión 486 de 2000 de la Comunidad Andina de Naciones (CAN), específicamente sobre los derechos, garantías y mecanismos de protección y prevención entre los distintos regímenes jurídicos; así mismo, se realizó un marco conceptual de microorganismos a través de la propiedad industrial, se examinaron los requisitos de patentabilidad de material vivo en los tratados objeto del análisis, igualmente sobre las prohibiciones de patentes sobre material biológico, así, como, implementación del tratado de libre comercio en el régimen de propiedad intelectual en Colombia y los efectos sobre vigencia y eficacia de estos ordenamientos legales. Concluyendo que ambos ordenamientos son compatibles y se pueden aplicar en sus respectivos ámbitos sin generar mayores dificultades interpretativas.